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，才自印度来了翻译大师，重新翻译佛经，将佛教介绍到西藏。翻译大师，有仁勤臧布（Rin-chen-bzan-po，958——1055年）、卓米（brog-mi，993——1078年）、玛巴（Mar-pa，1012——1096年）等最著名。1042年才到西藏的阿提沙（Atiça，982——1054年）大师，贡献等于先来的希巴错，萨迦巴、噶举巴、格鲁巴都追溯他们的宗教来源于这些大师。
萨迦巴的祖先是昆巴波切（khon-dpal-bo-che），赤松德赞的大臣。他的儿子是昆律邦松巴（khon-Klu?i-dba?-sru?-ba），是最早由希巴错在桑耶寺施戒的七人之一。由第一僧人算起，昆氏家族十辈都有著名的僧人和结了婚的宁玛派大师。但第十一辈有弟兄二人，一名昆绕西绕慈赤（khon-rogs-çes-rab-tshul-khrims），一名昆屯衮巧甲白（khon-ston-dkon-mchog-rgyal-po），做了不同的事。
弟兄二人都善于显密两教，弟弟昆屯衮巧甲白（1034——1102年），一日在街上看见喇嘛跳神，回家向哥哥说了。哥哥回答：“密教已腐朽了，不会再有圣人（Grub-thob）兴于藏土，现在是收藏一切密教经典和仪式器材，作为宝物收藏（gter），保留古代经典的时候了。我老了，你还年轻，前往慕古（Mugu），投靠卓米罗杂释迦伊西（brog-mi Lo-tsa?Ça?-kya-ye-çes），他是有学问的人，请他教你新的密教。”
弟弟就这样得金刚杵（Rdo-rje-phur-pa或vajrakilaya）仪式的留传，把宁玛派的佛像、书籍、仪具藏于佛塔之中。最后，于1073年创建了萨迦（Sa-skya）寺及其教派。
此派中，有七名大师最著名。第五名居首，就是八思巴（卓贡曲佳帕巴gro-mgon-chos-rgyal-?phags-pa，1235——1280年）。他不但在萨迦派最为重要，而且对于整个藏族宗教也很重要。1251年他应蒙古蒙哥汗之弟忽必烈的邀请，从凉州东行会晤忽必烈于六盘山，给忽必烈施欢喜金刚（Kye-rdo-rje或Hevajra）受戒仪（Pba?）。
忽必烈于1260年即大汗位，同年封八思巴为“国师”，受十三万户供。这个第一任藏族法王，曾于1258年与道家辩论，也赢得了胜利。据说，他于同时与西洋传教士辩论于蒙古朝廷，也使西洋传教士辩论输了。他于1269年受忽必烈之命，贡献蒙古新字，也被采纳。所以他最终成了西藏王（“宗教领域的王”）、西康王（“人的领域的王”）和安多王（“马的领域的王”，即游牧人的王），整个藏区的王。
忽必烈有意使所有藏族都信奉萨迦派，并守萨迦派的教规。但八思巴感觉那样不公道，还是允许他们选择自己的教派。但在萨迦派统治区中，由1255年到1349年政治和宗教是一致的。萨迦派的统治被帕谋噶举派（1349——1618年）所代替，帕谋噶举派又被噶玛噶举派（1618——1642年）所代替，最终于1642年被第五世达赖注14所代替，以后格鲁派宗教领袖便为统治藏区的法王。但萨迦派依然是藏族佛教中最被崇信的教派之一，由它圆满受戒的喇嘛，依然被称为“最高的上师”（Go?-marin-poche）。
按年代顺序，萨迦派政权后，噶举派的一个支派当权。噶举派为译师玛巴（Mar-pa，1012——1096年）建立。他先从译师卓米（H-——brog-mi， 993——1078年）学，卓米也是萨迦派的创始人，昆屯衮巧甲白的老师。当玛巴赴印度时，即从许多老师学习。他在藏地最了不起的门徒是弥拉瑞巴（Mi-la-ras-pa，1040——1123年）。弥拉瑞巴的门徒是达伯（Dwags-po，1079——1153年）。达伯传统分成四派：（1）达伯自己的派别；（2）由他的门徒来的噶玛噶举（Karma Bka?-brgyud）派；（3）另一个门徒来的巴绕噶举（bah-ram Bka?-brgyud）派；（4）再由另一个门徒来的帕谋噶举（Phag-mo Bka?-brgyud）派。由噶玛噶举又分两个小派，黑帽派和红帽派；而帕谋噶举又分成八小派。虽然这些小派都在当地享有政治权力，只是帕谋噶举建立了王朝，代替了萨迦王朝。
帕谋主巴（1110——1170年）是西康人，他先从萨迦派老师学，后乃认达伯为老师，因为他于1158年在帕谋主地方建立寺院，以致这寺院所在地的名字代替了他自己的名字。他的学派，被称为帕谋噶举，统治者的系统被认为“最高者”（Go?-ma），在寺院的系统则被承认为“兼阿”（Spyan-s?a）。从1349至1618年创立王位的叫作司徒江曲甲粲（Bya?-chub-rgyal-mtshan，1302——1364年），是第六寺主札甲（Grags-rgyal）和第七寺主札喜（Grags-çes）的弟兄。由1345年起，他常与萨迦派打仗。他的统治被元朝皇帝承认（1351年）。嘉木样（Hjam-dbya?s）作为第二个统治者，于1372年由明朝皇帝赐予“帝师”的称号，并于1376年得“万户府”的赏赐。第十个统治者札巴甲岑（Grags-ps-rgyal-mtshan），于1406年得“阐化王”的称号，他也是第十个寺主。
在1618——1642年，这一统治被另一派所代替，即噶玛噶举（Karma-bka?-brgyud）派，他们是噶玛赞松巴（Karma Btsan-sru?-pa）、噶玛彭错那木佳（Karma Phun-tshogs-rnam-rgyal）和噶玛丹迥旺伯（Karma Btsan-skyo?-dba?-po）。
但这一短命的统治，于1642年被蒙古王固始汗（Gu-çri Khan，1582——1656年）所代替，把统治权给了五世达赖，清朝皇帝于1652年给达赖第五以“西天大善自在佛所领天下释教”衔。就这样，帕巴（Hphags-pa）的寺主王达赖喇嘛就代代转世传，直至十四世达赖。
达赖喇嘛是格鲁派或藏族佛教的黄教领袖，因他兼有政治上的统治权，所以他的教派也叫作正统派。可是该派的创始人，是宗喀巴（Tso?-kha-pa，1357——1419年）。
宗喀巴是安多（A-mdo）人，即青海人。三岁时，开始由噶玛巴喇嘛罗柏多吉（Rol-pa?i-rdo-rje，1340——1383年）受戒。16岁时赴藏，受比丘戒，同各派大师学习，最后从阿提沙（Atiça，982——1054年）的教理，确立自己的学派————格鲁派（Dge-lugs-pa），意思是“有德性的道路”。他的门徒弟子中，最年轻的根顿主巴（Dge-?dun-grub-pa，1391——1474年）和克主杰（Mkhas-grub，1385——1438年），以后转世为达赖和班禅。达赖是卫地（Dbus）拉萨的掌政教大权的人，班禅则在藏地（Gtsa?）创建扎什伦布（Bkra-çis-lhun-po）寺，是纯然宗教领袖，最后达赖是转世的第十四辈，安多农区的藏童。十世班禅，因为候补人多，在1948年时尚未认定，解放后入藏，也是安多人。
清朝为了确定达赖、班禅两名活佛的转世候选人，于1793年颁布了金瓶掣签法，在北京和拉萨各置金瓶，候选人的名字用满文、汉文、藏文书写，同生辰和时间，放入金瓶各一份，作了典礼仪式，然后抽签，假定两瓶抽出来的签都一致，说明候选人无误。然而这种办法，同清朝一同完结。
总结蒙古族、汉族和满族皇帝创立萨迦巴、噶举巴、格鲁巴等宗教王的制度，蒙古的王公都是与西藏的王公混在一起。清朝政府于1726年设置“案办”（Amban），即驻藏大臣，他的地位于1792年即等于达赖。英帝于1904年侵入西藏，十三世达赖避难于蒙古、安多和北京，于1909年返回西藏，又于1910年逃至印度，以避清朝政府的惩罚。1912年清朝灭亡，共和国成立，十三世达赖方回西藏。他欲扩张势力范围，于1918年用拉萨土兵进攻西康。班禅第九世又于1923年逃出西藏。虽然十三世达赖和九世班禅于1933年和1937年先后去世，但两个最高的喇嘛之间的仇怨，仍延续至两派之间，在解放前一直未得和好。
解放以后，十四世达赖和十世班禅都曾分别住在拉萨和扎什伦布。