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其异同离合之指。如论字者必本于《说文》，未有据隶楷而论古文者也。（《文集》卷四《与人书四》）
他认定古书的时代性，汉还给汉，宋还给宋，源源本本，一一归根于古始。不能“据隶楷而论古文”，同样也不能据近代音义章句而读六经。亭林提出知音考文以为读古书的基本工夫，这是很有历史眼光的。但考文知音应该怎样下手呢？这只有从古书中比较归纳，寻求确实的证据。亭林对于音韵学贡献最大，他的《诗本音》和《唐韵正》就完全建立在无数的证据之上，完全是从古书中比较归纳出来的成绩。如《唐韵正》为证明“服”字古音“逼”，共举了一百六十二个证据，这真是科学家的精神。有这许多证据，任何人也不能不承认他的结论了。又如他答李子德的一封信（《文集》卷四），痛斥世儒不通古音擅改经文的毛病，历历举出几十条。如：
《易》渐：“上九，鸿渐于陆，其羽可用为仪”。范谔昌改“陆”为“逵”，朱子谓以韵读之良是。而不知古人读“仪”为“俄”，不与“逵”为韵也。小过：上六，“弗遇过之，飞鸟离之”。朱子存其二说，谓仍当作“弗过遇之”，而不知古读“离”为“罗”，正与“过”为韵也……招魂：“魂兮归来，北方不可以止些；增冰峨峨，飞雪千里些；归来归来，不可以久些”。五臣《文选》本作“不可以久止”，而不知古人读“久”为“几”，正与“止”为韵也。……《史记·龟策列传》：“雷电将之，风雨迎之，流水行之，侯王有德，乃得当之”。后人改“迎”为“送”。而不知古人读“迎”为“昂”，正与“将”为韵也。……诗曰：“汛彼柏舟，在彼中河；髡彼两髦，实惟我仪，之死矢靡他”。则古人读“仪”为“俄”之证也。《易》，离：九三，“日昃之离，不鼓缶而歌，则大耋之嗟”。则古人读“离”为“罗”之证也。……又曰：“何其久也，必有以也”。又曰：“吉甫燕喜，既多受祉：来归自镐，我行永久”。则古人读“久”为“几”之证也。……《庄子》：“不将不迎，应而不藏，故能胜物而不伤”。又曰：“无有所将，无有所迎”。则古人读“迎”为“昂”之证也。……
看这许多条，都是把古书中同类文字比较归纳，抽出一种公例，这正是科学方法。这种方法自然很繁难，然而只有这样研究出来的结果才确实可靠，科学是不能取巧的。亭林搜集资料最精勤。当他早年著《天下郡国利病书》时说：
历览二十一史，以及天下郡县志书，一代名公文集，及章奏文册之类，有得即录，共成四十余帙。（《天下郡国利病书序》）
著《肇域志》时说：
先取一统志，后取各省、府、州、县志，后取二十一史，参互书之。凡阅志书一千余部。本行不尽，则注之旁；旁又不尽，则别为一集，曰备录。（《肇域志序》）
他更搜集金石文字：
二十年间，周游天下，所至名山巨镇祠庙伽蓝之迹，无不寻求。登危峰，探窈壑，扪落石，履荒榛，伐颓垣，畚朽壤；其可读者，必手自钞录；得一文为前人所未见者，辄喜而不寐。一二先达之士，知余好古，出其所蓄，以至兰台之坠文，天禄之逸字，旁搜博讨夜以继日。（《金石文字记序》）
全谢山称他：
凡先生之游，以二马二骡载书自随。所至厄塞，即呼老兵退卒，询其曲折，或与平日所闻不合，则即坊肆中发书而对勘之，或径行平原大野，无足留意，则于鞍上嘿诵诸经注疏，偶有遗忘，则即坊肆中发书而熟复之。（《鲒埼亭集·亭林先生神道表》）
他随时随地找材料，一点机会不肯放过。他不但博极群书，并且从荒山中，从街头上，把各种实事实物都融贯在自己学问以内。这真是取精多，用物宏，岂止宋明道学家没有这样蕴蓄，即后来考证家有书册内的考证，而没有书册外的考证，亦只算学了他半个。他有了这样宏富的资料，所以比较归纳起来，才左右逢源，能尽量提取大批的证据。他全是脚踏实地，老老实实，从基本上做起，一点不肯取巧。所谓“朴学”，本来是要“朴实头下工夫”的。有人问他的《日知录》又成几卷，他回答道：
尝谓今人纂辑之书，正如今人之铸钱。古人采铜于山，令人则买旧钱名之曰废铜以充铸而已。所铸之钱即已粗恶，而又将古人传世之宝舂剉碎散，不存于后，岂不两失之乎，承间《日知录》又成几卷，盖期之以废铜。而某自别来一载，早夜诵读，反复寻究，仅得十余条，然庶几采山之铜也。（《文集》卷四“与人书”十）
采铜于山，采珠于渊，源泉混混，取不尽，用不竭，这才是有本之学。和那班零星贩卖，做小本生意者，自是不同。我们看《日知录》那部书的体裁，好像只是一种没有过组织锻炼的随手札记，但实际上，书中的每一条，都有许多资料作根据，都是从许多资料中比较归纳出来，在写出每一条之前都需要很多的准备工夫。不然的话，何至一年中只写成十几条呢？总之，亭林是考证学的开山大师，他在经学、小学及其他经世学问中所使用的方法，正和王寅旭、梅定九在天算学中所使用的方法一样，都可以说是科学的。
最后我要说几位专门经学家。如阎百诗，如胡朏明，如万充宗，都精于考证，他们的治学方法都是很科学的。阎氏说：
古人之事，应无不可考者。纵无正文，亦隐在书缝中，要须细心人一搜出耳。（《潜邱札记》卷六）
戴东原也说：
百诗读一句书，艺识其正面背面。（段玉裁著《戴先生年谱》）
这可见阎氏眼光的尖锐，考证方法的巧妙。《汉学师承记》载他辩解父母在而谈丧礼的一段故事：
汪编修琬……谓人曰：“百诗有亲在，而喋喋言丧礼乎”？若璩闻之曰：“王伯厚尝云：‘夏侯胜善说礼服，言礼之丧服也。’萧望之以礼服授皇太子，则汉世不以丧服为讳也。唐之奸臣，以凶事非臣子所宜言，去《国恤》一篇，识者非之。讲经之家，岂可拾其余唾哉？”昆山徐赞善乾学问曰：“于史有征矣，于经亦有征乎？”若璩曰：“按《杂记》，曾申问于曾子曰：‘哭父母有常声乎？’申，曾子次子。《檀弓》，子张死，曾子有母之丧，齐衰而往哭之。”夫孔子没，子张尚存，见于《孟子》。子张没，而曾子方丧母，则孔子时曾子母在可知。《记》所载《曾子问》一篇，正其亲在时也”。（此辨亦见《尚书古文疏证》第百二十条）
他引经据史，证明古人父母在亦讲丧礼，把汉太子、曾申、曾子，都拉出来作例子。并且将说汉太子学丧礼，就先引王伯厚的话证明“礼服”即指丧服而言，将说曾于问丧礼于孔子时其母尚在，就先证明曾母和子张同时而死，又证明子张死于孔子之后。辗转证明，旁行斜上，从极零乱的事实中找出线索，寻出条理，一步一步的引出应得的结论。这简直是侦探家的手段，什么没头案子他都可以破获的。这里面有演绎，有归纳，具见其科学方法运用之妙。他的名著《古文尚书疏证》，只是把这个方法展开应用的成绩，他所以敢推翻尊奉千余年的神圣经典，就全凭抓住了几百条不可动摇的证据。同时，胡朏明的《易图明辨》《洪范正论》，也都是辨伪的名著，和《古文尚书疏证》一样。这时候好古之风很盛，而疑古之风亦盛，他们是非证实不肯轻信的。至于万充宗“以经解经”，“通诸经以通一经”之说，可算是当时经学方法论上的名言。黄梨洲给他作的墓志上说：
充宗湛思诸经，以为非通诸经，不能通一经；非悟传注之失，则不能通经；非以经解经，则亦无由悟传注之失。何谓通诸经以通一经？经文错互，有此略而彼详者，有此同而彼异者；因详以求其略，因异以求其同，学者所当致思者也。……何谓以经解经？世之信传注者过于信经……“平王之孙，齐侯之子”。证诸《春秋》，一在鲁庄公元年，一在十一年，皆书“王姬归于齐”。周庄王为平王之孙，则王姬当是其姊妹。……毛公以为武王女，文王孙；所谓“平王”为平正之王，“齐侯”为齐一之侯，非附会乎？如此者层见叠出。充宗会通各经，证坠缉缺，聚讼之议，涣然冰泮。（《南雷文定前集》）
从各经记载的详略异同间，参互比较，以考见其本义，这是最正确可靠的解经法。且不仅解经，即治一切古书，求一切古音古义，都应该适用这个方法。事实上，如亭林、百诗等许多考证家的成绩，还不都是这样参互比较出来的吗？
看上面所举几位代表人物，当时学者的治学方法可见一斑。他们大概都是实事求是，尊重证据，颇能运用一点科学方法。尤其是天文学方面，因其研究的是自然现象，科学精神表现得格外显著。但详细考察，似乎也可以把他们分作前后两期。如方以智、顾亭林年辈较早，正当明清交替变乱方起的时候，大家争讲经世致用，所以他们都很注意当前问题，不仅考古，而且要知今。他们都不仅在故纸堆中下工夫，除博极群书外，还随时随地实际考察。刘继庄说：“今之学者，率知古而不知今，纵使博极群书，亦只算半个学者。”如方、顾等早期的诸大师，都是不屑做半个学者的。但不久而时局渐渐稳定了，经世致用的思想亦随着渐渐衰微了。自阎、胡以降，遂专走考古一路，直至乾嘉时代整个成了个考古的天下，像方、顾诸大师去书册以外做学问，是不容易看见了。就连天文学方面，王寅旭较早出，多用实测工夫。梅定九年辈稍晚，就偏向整理古天算书的路上去了。研究学问，方法可以支配材料，材料亦可影响方法。考证方法本和科学方法相接近，而终不能成为真正的完美的科学方法者，我们试把从王到梅，从方、顾到阎、胡这一段学风转变的历程，考究一下，亦可以约略看出一点症结了。